Vad är en Protein Data Bank (PDB) fil? Hur öppnar och visar den i Windows 11?

En proteindatabank (PDB)-fil är ett filformat som används för att lagra tredimensionell biologisk data. PDB-filer används vanligtvis för att lagra data om proteiner, nukleinsyror och andra biomolekyler. PDB-filer kan ses på en mängd olika sätt, inklusive genom programvara som PyMOL och VMD. I Windows 11 kan du öppna en PDB-fil genom att gå till Filutforskaren, klicka på fliken Visa och sedan välja alternativet att visa dolda filer och mappar. När du har gjort detta bör du kunna hitta den PDB-fil du vill se. PDB-filer är ett viktigt verktyg för forskare som arbetar med biomolekyler, eftersom de möjliggör visualisering och analys av data i tre dimensioner. Att förstå hur man öppnar och visar PDB-filer är därför en viktig färdighet för alla som arbetar inom bioinformatik eller beräkningsbiologi.

Protein Data Bank (PDB) filer är tredimensionella molekylära filer som lagrar molekylära strukturer. Nu, om du undrar hur man öppnar sådana filer på PC, kommer det här inlägget att intressera dig. Här kommer vi att diskutera PDB-filer i detalj och hur man visar sådana filer i Windows 11/10. Så, utan vidare, låt oss kolla in det!

Vad är en Protein Data Bank (PDB) fil?

Proteindatabank (PDB) är en databas med 3D-strukturdata för proteiner, nukleinsyror och andra stora molekyler. Fil från BNP Filtillägget är i grunden en fil som innehåller data relaterade till strukturen hos en biologisk 3D-molekyl. Data inkluderar atomära koordinater, atomstrukturer, atomär anslutning, proteinstruktur, nukleinsyrastruktur och mer. Den innehåller även experimentell metadata.

Detta filformat används ofta inom bioinformatik för att utbyta proteinkoordinater. Den innehåller tusentals rader som beskriver strukturen hos ett protein. Nu, om du vill läsa eller visa PDB-filer på en Windows-dator, måste du använda ett dedikerat tredjepartsverktyg eftersom det inte finns någon inbyggd app för det. I det här inlägget kommer vi att diskutera olika sätt att visa PDB-fil i Windows 11/10.

Hur visar jag Protein Data Bank (PDB) fil i Windows 11?

Det finns två sätt att visa filen Protein Data Bank (PDB) i Windows 11/10, nämligen:

1. Använd gratis programvara för att visa PDB-filer.
2. Prova ett gratis onlineverktyg för att läsa PDB-filer.

1] Använd gratis programvara för att visa PDB-filer.

Du kan använda Windows-programvara från tredje part som låter dig öppna och visa PDB-filer. Det finns flera gratis skrivbordsappar tillgängliga för Windows som du kan prova. Här är några bra du kan använda:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• En molekyl
• RasMol

A] IKmol

IQmol är en gratis och öppen källkod för molekylär redigerare och visualiseringsprogramvara för Windows 11/10. Med den kan du se PDB såväl som olika andra 3D-molekylfiler som MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. I denna programvara kan du hitta alla viktiga molekylära visualiseringsverktyg. Dessa verktyg sträcker sig från grundläggande till avancerade. Förutom att visa PDB-filen kan du också redigera molekylstrukturen.

Det låter dig öppna flera PDB-filer samtidigt och visa dem alla samtidigt. I panelen Model View kan du aktivera eller inaktivera renderingen av en eller flera PDB-filer.

De viktigaste egenskaperna hos IQmol:

Funktionerna i denna gratis och öppen källkod PDB-filvisare som du kan titta på är:

• Du kan hitta alla standardverktyg för filsökning, inklusive zooma in/zooma ut (med mushjul), panorera, rotera, helskärm, återställningsvy, visa axlar, etc.
• Det låter dig anpassa utseendet på modellen genom att redigera parametrar som shader, omgivande ljus, diffusion, dimstyrka, högdagrar, brusintensitet, POV-Ray-parametrar, etc.
• Du kan också lägga till atometiketter som atommassa, partiell laddning, NMR, spinndensitet, etc.
• Detta gör att du kan anpassa kamerainställningarna efter dina önskemål. Du kan justera kameraprojektion, position osv.
• har en bekväm Automatisk rotation en funktion som låter dig rotera molekylmodellen automatiskt.
• Du kan spara den aktuella proteinstrukturrepresentationen i ett bildformat som PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• Det låter dig också konvertera PDB till andra molekylfiler med funktionen 'Spara som'. Utdataformat som stöds: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Du kan också använda den Beräkning funktioner att beräkna molekylär strukturenergi, krafter, PES-skanning, övergångstillstånd, kemiska förändringar, geometri, sönderdelningsenergi, BSSE-korrigering, och så vidare.

Förutom visningsfunktioner får du en speciell Byggmeny med en uppsättning molekylära konstruktionsfunktioner. Dessa funktioner inkluderar att lägga till nya atomer, infoga nya molekyler, minimera struktur, sätta isotoper och mer.

Detta är en riktigt bra molekylär modelleringsprogramvara med vilken du kan visualisera Protein Data Bank-filer på din PC. Om du gillar det, ladda ner härifrån .

Ser: Chem4Word är ett kemitillägg för Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer är en speciell gratis PDB-filvisare för Windows 11/10. Det låter dig visualisera och analysera flera proteinstrukturer samtidigt. Du kan analysera proteinstrukturen, DNA-strukturen etc. som finns i PDB-filen. Förutom PDB-filen låter den dig också öppna och visa MOL- och MMCIF-filer.

När du öppnar en PDB-fil visas en 3D-vy på gränssnittet tillsammans med ett kontrollpanelfönster. Kontrollpanelen innehåller allmän information, en lista och en filtitel. Du kan enkelt flytta strukturen, rotera den, zooma in/ut osv.

Det låter dig också visa eller dölja punktytan, basen, vätebindningarna, kraftvektorerna och mer enligt dina preferenser. Du kan också markera olika delar med olika färgscheman för att bättre analysera strukturen. Dessutom kan du använda visningsfunktioner som Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels och mer.

Förutom visualiseringsverktyg får du också många molekylära modelleringsfunktioner. Dessutom har den också energiberäkning, H-bindningsberäkning, domänanalys, domändetektering, skapande av 3D-motiv, byggnad av kristallografisk symmetri och andra verktyg.

Du kan ladda ner den från Officiell sida .

Läsa: Den bästa gratis energianalysmjukvaran för Windows 11/10.

C] QMol

Cumol är en annan gratis PDB-visare för Windows 11/10. Det är ett visualiseringsverktyg för makromolekylär struktur med vilket du kan visa PDB-filer. Andra filer du kan öppna och visa i den är DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Den låter dig växla mellan perspektiv och ortografiska vyer, rotera modellen, zooma in/ut, etc. Du kan rendera modellen med POV-Ray och dess animeringsmetoder. Den renderade strukturen kan sparas i PNG-format. Ett mätverktyg finns också tillgängligt som låter dig mäta avstånd, vinkel och vridning i modellen.

Du kan också hitta några ytterligare verktyg för att ytterligare analysera proteinstrukturen. Dessa verktyg inkluderar Molekylär superposition, Mol ytskärare, Mol ytgenerering, Mol bindningsredigerare, interaktionsanalys, Mol morph animation, och så vidare.

Det är en bra programvara för att visualisera och analysera proteinstrukturen som finns i PDB-filer.

Ser: .LIT-alternativ # Hur konverterar jag LIT till EPUB eller MOBI på Windows?

programvara för säkerhetskopiering av e-post

D] Molekyler

Nästa PDB-visningsprogramvara på den här listan är Molekel. Detta är en ganska gammal men kraftfull mjukvara för molekylär visualisering som låter dig öppna och visa PDB-filer. Du kan hitta många molekylära visualiserings- och analysverktyg som låter dig analysera proteinstrukturer.

Det låter dig anpassa visningen av molekyler, atomer, bindningar, rester etc. Du kan välja olika visningstyper för var och en av dem, såsom Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, etc. Dessutom kan du justera egenskaperna för 3D-vyn, visa/dölja begränsningsrutor, använda shaders, etc. Det låter dig se PDB-filen genom att ändra elektrondensiteten på ytan på strukturen och lägga till en yta tillgänglig för lösningsmedel till strukturen.

du kan hitta Animation en funktion i den för att spela animationen av molekylens struktur. Den har också en speciell 'Analys'-meny med lämpliga verktyg. Med hjälp av analysverktyg kan du bestämma rutnätsdata, rotationsdensitet, molekylär elektrostatisk potential, emissionsspektrum, avstånd, vinkel och mer för en struktur.

Det låter dig också konvertera PDB-filer till olika filformat. Dessa format inkluderar PDF, PS, EPS och bild. Om du gillar det kan du få det Här .

Läsa: Complete Anatomy App är en värdig nedladdning för Windows. .

E] Rasmol

Du kan också använda RasMol för att visa PDB-filer på Windows 11/10. Det är gratis och öppen källkodsprogramvara som låter dig visualisera och analysera molekylära strukturer. Det stöder också att öppna och visa andra filer som MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Det låter dig se strukturen som en ram, varp, stavar, band, trådar etc. Du kan också markera olika delar av strukturen med olika färger. Det låter dig också visa eller dölja väteatomer, heteroatomer, skuggor, etiketter etc. enligt dina preferenser. Du kan också mäta avstånd, vridning, vinkel och andra värden i en struktur.

Denna programvara är tillgänglig Här .

Ser: Den bästa gratis 3D Human Anatomy Software för Windows.

2] Prova ett gratis onlineverktyg för att läsa PDB-filer.

Du kan också använda ett gratis onlineverktyg för att öppna och visa PDB-filer. Allt du behöver göra är att öppna webbplatsen i en webbläsare och ladda ner PDB-filen för att se den. Här är några bra gratis PDB-visningsprogram som du kan prova:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

windows kunde inte starta diagnostikpolicy-tjänsten

Du kan använda detta gratis onlineverktyg som heter RCSB PDB för att visualisera Protein Data Bank-filer. Det låter dig importera en PDB-fil och sedan visualisera och analysera dess molekylära struktur.

Du kan hitta några grundläggande visualiseringsfunktioner som zoom, rotera, växla mellan avancerad portvy, kameraåterställning, växling av valläge, etc. Det låter dig också justera vissa inställningar eller kontrollalternativ som kameraläge (perspektiv eller ortografiskt), bakgrundsfärg, på /av. inaktivera ocklusion, aktivera/avaktivera dimma, klippning, plats, etc.

Det följer med Animera fungera. Med detta kan du automatiskt rotera proteinstrukturen. Med detta kan du justera rotationshastigheten och vinkeln. Du får också en dedikerad Mått verktyg i den. Med detta verktyg kan du ta reda på flera värden som avstånd, orientering, vinkel och mer.

Utöver dessa funktioner finns flera andra praktiska verktyg tillgängliga: sökning av strukturmotiv, lägga till komponenter, export av animationer, export av geometri (STL, OBJ, etc.) och modellexport.

Sammantaget är detta en riktigt bra gratis PDB-visare online med en fantastisk uppsättning visualiseringsverktyg. Du kan försöka Här .

B] Molsoft

Molsoft är ett annat onlineverktyg som kan användas för att visualisera PDB-strukturer. Detta är en enkel PDB-filvisare med grundläggande funktioner. Öppna den först Hemsida och klicka på menyalternativet med tre filer. Välj sedan alternativet 'Öppna' för att importera en lokalt sparad PDB-fil eller ladda upp en fil från din Google Drive. När du väljer en fil kommer den att visa dig molekylstrukturen i visningsprogrammet.

Du kan använda olika visningslägen för att visualisera strukturen. Dessa vyer inkluderar trådram, kreatinfosfokinas (CPK), kula och stav, band och mer. Du kan enkelt växla mellan dessa visningslägen för att passa dina behov. Dessutom låter det dig aktivera eller inaktivera atometiketter, restetiketter, vätebindningar och platser för en bättre förståelse av strukturen.

Den tillhandahåller också mätverktyg. Du kan mäta avstånd, flat vinkel och vridningsvinkel i modellen. Dessutom finns en praktisk Color by-funktion tillgänglig, som låter dig färglägga strukturen efter atomtyp, kedja, inriktning, sekundärstruktur, etc.

Detta är en annan bra online PDB-filvisare som du kan prova gratis.

Hur laddar man ner en PDB-fil från Protein Data Bank?

För att ladda ner en PDB-fil från Protein Data Bank kan du besöka Protein Data Banks webbplats, ange och söka efter namnet på proteinet eller makromolekylen, såsom humant hemoglobin, kitinas, etc. Välj sedan filen från sökresultaten och använd nedladdningsalternativet för att ladda ner PDB-filen. Så enkelt som det.

Hur ser man PDB-strukturer?

Molekylära strukturer i det preliminära budgetförslaget kan ses med hjälp av ett dedikerat onlineverktyg eller programvara. Du kan prova gratis programvara som IQmol, Swiss-PdbViewer och CueMol för att visualisera och analysera PDB-strukturer på din PC. Om du föredrar att använda ett onlineverktyg finns det många alternativ. Testa till exempel webbtjänster som RCSB PDB och Molsoft. Dessa är gratis online PDB-filvisare som tillhandahåller avancerade verktyg för molekylär visualisering och analys.

Hur konverterar man PDB-fil till PDF?

För att konvertera PDB-fil till PDF kan du använda denna gratis skrivbordsapplikation som heter Molekel. Det ger ett speciellt 'Spara till PDF'-alternativ som låter dig konvertera PDB-filen till PDF-format. Du kan öppna PDB-filen och klicka sedan på 'Arkiv' > 'Spara till PDF' för att konvertera PDB till PDF. Vi har diskuterat denna programvara i detalj i det här inlägget, kolla in det ovan.

Det är allt.

Läs nu: Den bästa gratis molekylära modelleringsprogramvaran för Windows.